Dizi, Çanakkale'de verilen bağımsızlık mücadelesindeki isimsiz kahramanların hikayelerini konu alıyor.
Dizi, “Genç Kahramanlar”, “Kadın Kahramanlar” ve “Millet-i Selase (Gayrimüslim) Kahramanlar”, olmak üzere beşer bölümlü üç ana konudan oluşuyor.
Tarihi bir konuyu işleyen ve tarihi gerçekliklerden hareketle dönemin ruhunu anlatmaya çalışan Yüz Yıllık Mühür‘de, Osmanlı vatandaşı olan tüm etnik unsurların vatanseverliği, kahramanlığı gerçeğe müdahale etmeden, hakettiği değerle anlatıldı.
Dizide ayrıca, yaptıklarıyla düşmanın bile saygısını kazanan Anadolu kadınının kahramanlığı da ele alındı.
