İstanbul'un zengin bir ailesinin kızı Sinem ile Şanlıurfalı zengin bir ağanın oğlu Ali, 10 yıllık evliliklerini bir anda bitirip boşanma kararı almışlardır.
Sinem, özel bir hastanede nöroloji alanında uzman doktor olarak çalışmaktadır. Güzel, zeki ve etrafında kendisinin farketmediği bir ilgiye sahiptir. Ali ise yakışıklı, prezantabl, zeki ve bir reklam ajansının önemli bir çalışanıdır. Çok önemli projeler gerçekleştirmiştir.
Anne ve babasının boşanma kararından çok etkilenen ve birçok yaramazlığı yapma potansiyelinin yüksek olduğu, 6 yaşındaki Mehmetcan, anne ve babasının boşanmaması için elinden geleni yapar. Evde, okulda ve mahallede onca yaramazlık, anne ve babasını tekrar bir araya getirmek için çare olmamıştır. Bu evlilikten memnun olmayan, ayrı kültürlere ait aile büyüklerini işin içine karıştırır.
Küçük Ağa'mız, temelde etrafındaki olumsuzlukları çocuk aklı ile çözmeye çalışan, günümüzde yaşanan aile ve çevre yaşantımızdaki değerlerin, ne kadar önemli olduğuna değinmeye çalışarak, seyirciye de kıssadan hisse sağlayan bir öykünün kahramanıdır.
