İmparatoriçe Ki, 13. Yüzyılda hüküm süren Moğol Hükümdarı Cengiz Han'ın kurduğu Yuan Hanedanlığına 37 yıl hükümranlık yapan ve Demir Leydi lakabıyla ünlenen İmparotiçe Ki'nin hayat hikayesini konu alır. Dizi Goryeo'da (Kore) doğan fakat Yuan İmparatorluğu'nda yaşayan ve hayatta kalabilmek için erkek kılığına giren, daha sonra da İmparatoriçelik mevkisine yükselen, İmparatoriçe Ki'nin aşkını ve hayat mücadelesini anlatıyor.