İnci Taneleri, mutlu bir aile hayatı sürerken tek bir gecede tüm yaşamı altüst olan edebiyat öğretmeni Azem Yücedağ'ın hikayesini konu alır. Eşi ve iki çocuğuyla huzurlu bir hayatı olan, öğrencileri tarafından sevilen Azem, öğretmen eşini öldürmekle suçlanınca yıllarını cezaevinde geçirmek zorunda kalır.
Onlarca yıl sonra özgürlüğüne kavuşan Azem, geçmişin acıları, taşıdığı büyük sır ve hayatın ağır yüküyle yeniden ayağa kalkmaya çalışır. Artık tek amacı, yıllar önce dağılan ailesinin izini sürmek, çocuklarını bulmak ve onlarla yeniden aynı masa etrafında bir araya gelebilmektir. Ancak zaman yalnızca Azem'i değil, çocuklarını da değiştirmiştir; onlar da kendi acılarıyla büyümüş, bambaşka hayatlara savrulmuştur.
Azem, kaybettiklerini yeniden bulma umuduyla çıktığı bu zorlu yolda, kolyesinden kopup dört bir yana dağılan inci taneleri gibi parçalanan ailesini yeniden bir araya getirmeye çalışır.