Siyah Kalp, yıllar önce ikiz çocukları Nuh ve Melek'i terk ederek Kapadokya'nın varlıklı iş insanlarından Samet Şansalan'la yeni bir hayat kuran Sumru'nun geçmişiyle yüzleşmesini konu alır. Annelerinin kimliğinden habersiz büyüyen ikizler, en acı günlerinde gerçeği öğrenince yılların öfkesiyle her şeyi geride bırakıp Kapadokya'ya gelir.
İhtişamlı Şansalan konağına adım atan Nuh ve Melek, yalnızca anneleri Sumru'yla değil, onun saklamaya çalıştığı yeni ailesiyle de karşı karşıya kalır. Sumru, çocuklarını ailesinden uzak tutmaya çalışsa da ikizler kısa sürede konaktaki dengeleri değiştirmeye başlar. Nuh'un yolu Hikmet'in kızı Sevilay ile, Melek'in yolu ise Samet'in ilk evliliğinden olan oğlu Cihan ile kesişir.
Bu sırada Cihan, babası Samet ve halası Hikmet'in planlarının ortasında kalırken; Sevilay kendisine biçilen role karşı çıkar, Esat ise Cihan'ın Kapadokya'da kalma ihtimalinden rahatsız olur. Anneleriyle hesaplaşmaya gelen Nuh ve Melek'in varlığı, Şansalan ailesindeki sırları, kıskançlıkları ve güç mücadelelerini açığa çıkarırken, herkes için geri dönülmez bir dönemin kapısını aralar.